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      • SAT02 - Relationship between genomic signals in ocean metagenomes and environment / Relación entre señales genómicas en metagenomas del océano y medio ambiente

          • This challenge seeks to understand relationships between different genomic signals (genes, genes in particular families, transcription factors, etc.) and their abundances in a bacterial metagenomic sample from the ocean using data analysis tools (statistics, AI, ML, ...). Teams will receive a collection of ocean samples characterised by the following data: indication of position of the sample in the ocean, lists of genes indicating abundance in the sample and family to which it belongs or type of gene, plus environmental conditions such as temperature and depth of the sample. The objective of the challenge is to analyze this data and develop a model allowing to discover the environmental niche from which the sample comes, thanks to the genomic data. It could be possibly made thanks to a neural network, decision trees or any other paradigm from data science and statistics.

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            En este desafío se busca entender relaciones entre las diferentes señales genómicas (genes, genes en familias particulares, factores de transcripción, etc.) y sus abundancias en una muestra metagenómica bacteriana del océano usando herramientas del análisis de datos (estadística, IA, ML, ...). Los equipos recibirán para una colección de muestras del océano  caracterizadas por los datos siguientes: indicación posición de la muestra en océano, listas de genes indicando abundancia en la muestra y familia a la que pertenece o tipo de gen, más condiciones del ambiente como Temperatura y profundidad de la muestra. Se espera que el grupo tome estos datos y logre producir un método que permita a partir de algunos de los datos genómicos descubrir el nicho ambiental de donde viene la muestra.  Esto puede ser en la forma de: red neuronal, árboles de decisión o cualquier otro paradigma de la ciencia de datos y la estadística.

          • What the challenge owner would like to develop over 48h
          • An algorithm with a good graphical display to receive a collection of signals (genes or gene families) from a metagenomic sample and deliver the possible environmental niche of that sample.

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            Un algoritmo con un buen display gráfico que permita recibir una colección de señales (genes o familias de genes) de una muestra metagenómica y entregar el nicho ambiental posible de dicha muestra.
          • Which skills the challenge owner is looking for
          • Bioinformaticians
            Programmers
            Data science experts

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            Bioinformáticos
            Programadores
            Expertos en ciencias de la información
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